嶺南衡怡紀念中學在一九九一年創辦之初名為嶺南杏花邨中學。於九一年初，為配合教育署在港島東區需要更多中學學位以資分派，嶺南教育機構逐去函教育署申請開辦第三間中學。同年即獲政府批准及劃出杏花邨地段為校址，開辦一所全新津貼中學，預期於九三年落成。同年，嶺南教育機構接受教育署的安排暫借銅鑼灣渣甸坊崇蘭中學舊址開辦嶺南杏花邨中學。

可惜本校在杏花邨的校舍興建工程，一波三折，未能動工。最終教育署為本校在小西灣建校，而在一九九五年九月，嶺南杏花邨中學遷進小西灣校址，校園從借用的彈丸之地發展至環境清幽、地方寬敝、設備完善的獨立校舍。

在一九九八年，教育署將杏花邨校址轉批給原本位於司徒拔道的嶺南中學，為了識別嶺南中學和嶺南杏花邨中學乃兩所不同的學校，它們的校址也各在不同的地區，故此，嶺南杏花邨中學由一九九九年九月開始更改校名，定名為︰嶺南衡怡紀念中學。校名命名的用意乃是為了紀念何善衡博士及其夫人李怡顏女士，他們倆人均熱心教育，在推動青年人教事工上不遺餘力，凡事都抱著一股熱誠去幹，為社會作出很多項獻，他們亦成為本校師生的典範。

新校名亦開展了本校的新一頁，學生換上自己設計的新校服，而老師在學與教的措施上亦與時並進，因應課程加入資訊科技教育。配合全方位學習，帶領學生跑出課室，跑出香港，近至中國大陸而遠至加拿大，擴闊學生視野，增廣其見聞。

在二零零三年初，學校開始了校舍改善工程，而工程亦在二零零四年八月臻工，改善工程為學校加添了電腦輔助教學生、語言室、多用途教學室、學生活動中心、會議室等，而最受欣賞的設置是有足夠課室讓每一班都有屬於自己的課室，浮動班成為歷史，學校再沒有學生需要背着書包在學校周圍走，影響學生的學習情緒。

近年來，老師在推動學與教的新文化中不遺餘力，推動閱讀文化及專題研習，更加強學生課堂上參與，目的是提升學生的學習能力。在促進學生的品德及公民教育方面則以身作則，樹立榜樣，透過各種與價值觀有關的課題及利用生活事件帶出學習的重點，輔以「一人一服務」計劃，課堂內外都為學生提供學習的機會。

展望未來的悠悠歲月，深盼在現有的基礎上，繼續得到校董會的扶助，家長的支持，同事們的群策群力，共創新里程，使所育之幼苗，開出燦爛的花朵，結出健康美善的果實。